Eндоскопия е минимално инвазивна диагностична медицинска процедура., която се използва за оценка на вътрешни повърхности на органи с помощта на ендоскоп (дълга гъвкава тръба с малка камера на върха). Директното гледане на интериора на органите помага за поставянето на точна диагноза при различни заболявания. В зависимост от симптомите, ендоскопът се използва, за да се огледа вътрешната стена на гърлото, хранопровода, стомаха и тънките черва (esofagogastroduodenoscopy (EGDS)), дебелото черво (колоноскопия)  или на дихателните пътища – носа, гърлото и белите дробове (бронхоскопия). Апаратът е окомплектован с набор от щипки за биопсия (през едноскопа могат да се вземат тъканни проби, които се изследват от пато-хистолог за поставяне на точна диагноза).
С помощта на ендоскопа може да се направи визуална оценка за наличието на стриктури, възпаления, ерозии, кървене, новообразувания и т.н.  Също така дава  възможност за някои лечебни процедури – изваждане на чужди тела (в случаи на поглъщане на чуждо тяло , видеоендоскопът предлага алтернатива на оперативния метод за отстраняване на обекта) , ексцизия на полипи, кръвоспиране и др..
Ендоскопията е незаменим метод при диференциалната диагностика на новообразувания на стомашно-чревния тракт, инвагинация на червата и при експозиция на чужди тела в хранопровода, стомаха или дванадесетопръстника, тъй като е много трудно да се постави диагноза чрез другите методи на образна диагностика, като рентгенографията. Много често единственият подход за този вид патология е само диагностична лапаротомия. По този начин, ние намаляваме необходимостта от безпочвени хирургичени операциии в диференциалната диагностика на тези заболявания.
Предимството на ендоскопа е, че е по-малко травмиращ в сравнение със стандартната хирургия и дава възможност за по-бързо възстановяване.Подготовка на пациента за диагностика се състои в лишаване от храна в продължение на най-малко 12 часа, ако става дума за EGDS или бронхоскопия и дълбоко почистваща клизма в случай на колоноскопия. Освен това, при животни ендоскопията се извършва под обща упойка, за да не се излага  пациента на стрес от неприятни чувства и фиксация, и да се избегне рефлексът на повръщане в случай на EGDS и бронхоскопията. В повечето случаи не е необходим хоспитализация и пациентът се изписва още същия ден. Цялото изследване се записва и се предоставя на стопаните или на лекуващия лекар (при референтни пациенти).